信息來源:admin 時(shí)間:2018-07-30 瀏覽: 7572次
轉(zhuǎn)座因子(Transposable Element, TE)又稱轉(zhuǎn)座子(transposon),是一類可在基因組不同位置間移動(dòng)的序列,廣泛存在于真核生物基因組中。轉(zhuǎn)座因子在染色體結(jié)構(gòu)、基因組大小、基因組重排、新基因生成和基因表達(dá)調(diào)控等方面扮演著重要的角色,同時(shí)由于轉(zhuǎn)座因子序列的重復(fù)性,它們對(duì)基因組測(cè)序、組裝和注釋也是巨大的挑戰(zhàn)。因此,全基因組范圍內(nèi)精確地鑒定、分類和注釋轉(zhuǎn)座因子就變得尤為重要。中國(guó)林科院林業(yè)所、林木遺傳育種國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室珍貴樹種遺傳改良課題組以楊柳科三種已完成全基因組測(cè)序的植物為對(duì)象,綜合采用基于結(jié)構(gòu)(signature-based)、基于同源性(similarity-based)和從頭(de novo)算法,成功構(gòu)建了楊柳科植物轉(zhuǎn)座因子數(shù)據(jù)庫。
從毛果楊(Populus trichocarpa)、胡楊(Populus euphratica)和簸箕柳(Salix suchowensis)的基因組中分別鑒定出11667、3961和2765種轉(zhuǎn)座因子,并根據(jù)其結(jié)構(gòu)特征分類到543、550和528個(gè)轉(zhuǎn)座因子家族中。研究者可在SPTEdb上免費(fèi)獲取所有轉(zhuǎn)座因子的序列信息,同時(shí)數(shù)據(jù)庫中整合了Blast,HMMER,GetORF和Cut sequence等研究工具,方便用戶使用。 研究論文“SPTEdb: a database for transposable elementsin salicaceous plants”發(fā)表在DATABASE期刊上(doi: 10.1093/database/bay024)。
