信息來(lái)源:admin 時(shí)間:2018-07-30 瀏覽: 7597次
近日,英國(guó)牛津大學(xué)主辦的科學(xué)期刊《大數(shù)據(jù)科學(xué)》在線刊登了題為《重要觀賞植物一串紅的高質(zhì)量參考基因組組裝》的研究論文,在國(guó)際上首次公布一串紅基因組圖譜繪制工作。
在植物基因組學(xué)研究領(lǐng)域,這不僅是國(guó)際權(quán)威機(jī)構(gòu)正式發(fā)布的國(guó)際首個(gè)一串紅基因組圖譜,也是國(guó)內(nèi)首個(gè)觀賞植物基因組圖譜。項(xiàng)目由北京市園林科學(xué)研究院和北京林業(yè)大學(xué)合作完成。
一串紅(Salvia splendens)隸屬唇形科鼠尾草屬,是一類極具經(jīng)濟(jì)價(jià)值的觀賞植物。其花色艷麗、適應(yīng)性強(qiáng)、易栽培養(yǎng)護(hù),在世界各地廣泛應(yīng)用于花壇、花境以及花海、大地景觀營(yíng)造等。
該項(xiàng)研究對(duì)“奧運(yùn)圣火”一串紅的兩個(gè)單株進(jìn)行了PacBio Single-Molecule Real-Time(SMRT)測(cè)序,獲得了808M的一串紅高質(zhì)量全基因組序列;采用contigs和scaffolds(2個(gè)基因組序列片段)長(zhǎng)度分布評(píng)價(jià)指標(biāo),對(duì)一串紅和已報(bào)道的其他唇形科植物薄荷、丹參基因組進(jìn)行比較,結(jié)果表明,本次研究中獲得的一串紅基因組質(zhì)量遠(yuǎn)高于其他兩類唇形科植物;進(jìn)化分析表明,一串紅和同屬鼠尾草屬的傳統(tǒng)藥用植物丹參出現(xiàn)分化的時(shí)間,大約在2821萬(wàn)年前。
同時(shí),實(shí)驗(yàn)針對(duì)收集到的一串紅資源進(jìn)行分析,采用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),探討了一串紅資源呈現(xiàn)不同花色性狀的調(diào)控機(jī)制。
